Первый пуск пучка протонов состоялся 10 сентября 2008 года; через несколько месяцев планировалось провести первые эксперименты. Однако уже 19 сентября БАК был остановлен на ремонт из-за аварии. По данным расследования, один из электрических контактов между двумя криостатами начал резко нагреваться под действием сильного электрического тока. Возник дуговой разряд, пробивший стенку криогенной системы. Из-за пробоя в тоннель вылилось и испарилось более 6 тонн жидкого гелия, в трубах ускорителя был нарушен вакуум и выросла температура.
Предохранительные клапаны не справились с задачей. Из-за высокого давления внутренности криостатов сместились относительно оболочки, некоторые криостаты сдвинулись с опор, сломав крепления к бетонному полу. Для восстановления криогенной системы потребовалось нагреть «пострадавший» участок ускорителя до комнатной температуры, отремонтировать и заменить поврежденные магниты, а затем снова охладить его до рабочей температуры. Причины аварии: брак при монтаже ускорителя и конструкторский просчет при разработке систем безопасности ускорительного кольца. После установления причин аварии ЦЕРН принял меры для предупреждения подобных инцидентов в будущем и снижения их возможных последствий: были доработаны диагностирующие системы, внедрена новая система предохранительных клапанов, укреплены опоры криостатов и т. п. Стоимость ремонтных работ оценивается в € 10 млн, плюс еще примерно во столько же обошлось восполнение запасов магнитов. В ремонтных работах на ЦЕРНе участвовало около 100 специалистов.
Несмотря на аварию, 21 сентября 2008 года состоялась торжественная церемония введения БАКа в строй. Опыты собирались возобновить уже в декабре того же года, но дата повторного запуска несколько раз переносилась. Тестовые запуски пучков ионов свинца и протонов на части кольца состоялись лишь в октябре 2009 года, а первые столкновения — в ноябре 2009‑го. 31 марта 2010 года коллайдер заработал на полную мощность: в тот день было зарегистрировано столкновение пучков протонов на рекордной энергии 7 ТэВ. В апреле 2012 года была зафиксирована еще большая энергия столкновений протонов — 8 ТэВ.
Несмотря на почти пятилетнюю задержку, проект был реализован. Запуск БАКа оказал колоссальное влияние на мировую науку. В июле 2012 года во время одного из экспериментов был обнаружен бозон Хиггса, существование которого подтверждает правильность Стандартной модели строения вещества. В конце 2020 — начале 2030‑х планируется модернизация БАКа: его мощность возрастет до 14 ТэВ, а обновленные детекторы позволят регистрировать в два раза больше частиц.
История сооружения БАКа показала, что проектам такого масштаба постоянно требуется дофинансирование. Смета к концу строительства выросла более чем вдвое. В таких ультрасложных системах, как БАК, сложно заранее предусмотреть все сценарии аварий, поэтому могут потребоваться доработки диагностирующих и аварийных систем, дополнительные расчеты и обоснования.