ГАЭС также могут иметь различные компоновки. ГАЭС с плотинной схемой создания напора по конструкции и компоновке сооружений аналогичны обычным ГЭС плотинного типа. Поскольку в этой схеме всегда имеется приток в верхний бассейн, она характерна для ГЭС-ГАЭС.
Деривационные схемы ГАЭС также распространены. Например, ГАЭС «Байна Башта» в Сербии имеет деривационный напорный туннель длиной 8 км и диаметром 6,3 метра.
В качестве нижнего бассейна ГАЭС часто используются естественные (озера, морские заливы) и искусственные (водохранилища) водоемы; иногда нижние бассейны создаются путем подпора плотиной небольшой реки.
Конфигурация верхнего бассейна определяется необходимым рабочим объемом, рельефом местности и устойчивостью склона. Круговая форма верхнего бассейна обеспечивает минимальную длину ограждающих дамб.
Существуют ГАЭС с подземными нижними бассейнами. Это могут быть как искусственные бассейны в глубоко заложенной подземной выработке, так и водоемы в естественных понижениях местности (котловинах, высохших озерах и пр.). Подобный вариант позволяет снизить затраты на проект.
Под землей располагаются и основные сооружения ГАЭС, включая помещение для главных силовых трансформаторов и низовой уравнительный резервуар. Это распространенный вариант для станций с большим напором. Строительство станций с подземным зданием позволяет, с одной стороны, делать сооружения малозаметными на местности, удачно вписывать их в ландшафт, создавать локации для отдыха и занятий водными видами спорта, а с другой — дает возможность использовать выработанные шахты и рудники.
Здания ГАЭС в основном аналогичны зданиям ГЭС, однако состав оборудования и его компоновка накладывают свой отпечаток.
ГАЭС различаются по схеме основного гидросилового оборудования. Станция с четырехмашинной схемой имеет отдельные насосный и турбинный агрегаты, то есть четыре отдельные машины (двигатель, насос, турбина и генератор). Трехмашинная схема включает соединенные на одном валу обратимой электрической машины (двигатель-генератор) гидротурбину и насос, имеющие одно направление вращения. ГАЭС, построенная по двухмашинной схеме, имеет обратимые электро- и гидромашину, которые могут работать как насос и как турбина. Работа двухмашинных агрегатов в турбинном и насосном режимах осуществляется при противоположных направлениях вращения.
Широкий диапазон напоров, при которых строятся ГАЭС (примерно от 20 до 1400 метров), определяет применение различных схем гидросилового оборудования.
Четырехмашинная схема оборудования позволяет использовать преимущества гидромашин, каждая из которых запроектирована на свой режим работы. По такой схеме сооружена, например, ГАЭС «Райсек-Крайцек» в Австрии с ковшовыми гидротурбинами и многоступенчатыми насосами, имеющая максимальный напор 1772 метра. В связи с большими капитальными затратами эта схема не нашла широкого распространения даже при высоких напорах.
Трехмашинная схема позволяет достигать высоких значений КПД насоса и турбины. Одинаковое направление вращения в обоих режимах обеспечивает простоту пуска, так как нормальная частота вращения достигается вращением гидротурбины. Агрегат переводится из одного режима в другой путем открытия и закрытия затворов. Трехмашинные агрегаты обеспечивают очень быстрые (в течение нескольких секунд) переключения между режимами.
Трехмашинные агрегаты получили широкое распространение в Западной Европе: на них приходится около 60 % общей мощности ГАЭС. ГАЭС с трехмашинной схемой сооружаются чаще всего при высоких напорах (более 300 метров) с применением ковшовых гидротурбин (гидроагрегаты ГАЭС, в зависимости от высоты напора, оборудуются поворотно-лопастными, диагональными, радиально-осевыми или ковшовыми гидротурбинами), единичная мощность которых достигает 200 МВт. Например, высоконапорные радиально-осевые турбины трехмашинных агрегатов установлены на ГАЭС «Россхаг» в Австрии (672 м) и «Хорнберг» в Германии (652 м).
В СССР применялась только двухмашинная схема, в том числе на Загорской ГАЭС. За рубежом крупнейшие ГАЭС, оборудованные двухмашинными обратимыми агрегатами: «Ладингтон» в США (шесть агрегатов по 312 МВт, напор 108 метров), «Байна Башта» (два агрегата по 315 МВт, напор около 610 метров), «Окутатарага» в Японии (четыре агрегата по 303 МВт, напор 406 метров) и др.
Трехмашинная схема требует более крупной и сложной конструкции электростанции и дополнительного электромеханического оборудования, что значительно увеличивает стоимость энергообъекта.
В двухмашинной схеме за счет исключения одной гидромашины, муфты сцепления и части затворов на треть сокращается высота агрегата, а следовательно, и здания ГАЭС. Снижение капиталовложений в гидросиловое оборудование и строительную часть достигает 30 % по сравнению с трехмашинной схемой.
Двухмашинные системы — это менее дорогие конфигурации меньших размеров и более доступное электромеханическое оборудование; однако переход между режимами длится дольше, потому что для переключения лопасть должна полностью остановиться и изменить направление; то есть по сравнению с трехмашинной схемой маневренность уменьшается. Второй минус — несовпадение зон оптимальных КПД в турбинных и насосных режимах (для достижения максимального КПД частота вращения гидроагрегата в турбинном режиме должна быть на 15 % ниже, чем в насосном).